明治維新期には天領が府あるいは県という行政単位となり、飛騨国は1868年5月(旧暦)に飛騨県、続く6月、わずか1週間で高山県となった。1869年に、県知事梅村速水の急激な改革に対しての暴動(梅村騒動)が発生する。1871年の廃藩置県後に行われた府県合併により、近隣の県とともに筑摩県の一部となった。1876年に筑摩県が廃止されて以降は(当初旧美濃国のみで構成されていた)岐阜県に編入され、現在に至っている。明治時代には、国家的な重要産業であった製糸業を担う労働力として、飛騨地方の村落から、山道を通って諏訪湖周辺に多くの女性が流出した(あゝ野麦峠)。
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